Bon, j'ai besoin de projeter des données en Méditerranée. Je stocke ici ce que j'ai pu trouver. La projection la plus utilisée pour la méditerranée (vue sur plein de sites internet, nations unies, FAO, etc.) semble être la projection "Lambert azimuthal equal area", décrite à la page suivante:

http://www.remotesensing.org/geotiff/proj_list/lambert_azimuthal_equal_area.html

Cette projection nécessite de définir la projection du point "central" sur la zone que l'on cherche à étudier. Dans une étude sur les impacts humains sur les écosystèmes marins (http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0079889), Micheli et al, financés par le NCEAS, utilisent la projection suivante (Chaîne proj4 à utiliser dans R):

"+proj=laea +lat_0=38 +lon_0=18 +x_0=0 +y_0=0 +datum=WGS84 +units=m +no_defs +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0"

Source:
https://www.nceas.ucsb.edu/globalmarine/mediterranean

Un tour sur google maps indique que le point central est bien au milieu de la méditerranée (flèche verte):

http://huit.re/zw10DUVc

Edit: La projection recommandée pour l'Europe pour *l'analyse statistique et la représentation* (cf. ici: http://eusoils.jrc.ec.europa.eu/Projects/Alpsis/Docs/ref_grid_sh_proc_draft.pdf) est la même projection (utilisant l'ETRS89 comme datum, mais en pratique, la différence avec le wgs84 est négligeable, de l'ordre d'un demi-mètre, cf. ici: http://www.killetsoft.de/t_1009_e.htm). Le point central est ici 52°N et 10°E (voir page 29 du doc pdf précédent), ce qui donne une proj4string suivante:

"+proj=laea +lat_0=52 +lon_0=10 +x_0=0 +y_0=0 +datum=WGS84 +units=m +no_defs +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0"